ACTUALIDAD UNIVERSITARIA

La organización COST (Cooperación Europea en Ciencia y Tecnología), que financia redes de investigación e innovación, ha concedido recientemente las becas COST Innovator. Una de las seis propuestas es The Grapevine Genomics Encyclopedia (GRAPEDIA), dirigida por José Tomás Matus, investigador del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas I2SysBio (CSIC- UV).

AUTOR: UV

Este proyecto tendrá una duración de 12 meses y ha sido dotado con 125.000 euros.

 

GRAPEDIA será una plataforma única de acceso abierto, que seguirá una estructura de base de datos federativa y permitirá la exploración y visualización de datos de todos los recursos genéticos, ómicos y de fenotipado de la vid, con herramientas para el análisis comparativo y servicios personalizados para la academia y la industria. A pesar de la gran cantidad de datos públicos disponibles para esta especie, la mayoría de los recursos están dispersos y no son interoperables.

 

Los datos que se pueden recopilar sobre fenotipos de plantas y recursos ómicos tienen un enorme potencial para los desafíos que afrentamos en el futuro cercano, incluido el calentamiento global, la resistencia a patógenos y la sostenibilidad.

 

“De cómo utilicemos todos estos recursos genéticos y genómicos depende la posibilidad de diseñar nuevas variedades capaces de hacer frente a transiciones ambientales y plagas, y asegurar un cultivo ecológico”, afirma Tomás Matus, investigador del Programa Ramón y Cajal de la Universitat de València y el I2SysBio, centro de investigación mixto de la Universitat de València (UV) y el Consejo Superior de Investigaciones Cientíricas (CSIC)..

 

La propuesta se basó en tres pilares principales. El primero es la comunidad, que ha generado hasta el momento una cantidad exhaustiva de datos de diferente tipo y naturaleza. El segundo pilar es la metabase de datos GRAPEDIA, que recopilará estos datos, los preprocesará para hacerlos legibles y los organizará en módulos. El tercero son los servicios; de carácter gráfico, interactivo y exportable, algunos de los cuales serán gratuitos mientras que otros se personalizarán y se ofrecerán con cargo. Los ejemplos incluyen buscadores de navegadores de genomas, paneles de control de genes únicos y múltiples, y flujos de trabajo experimentales ómicos.

 

“También esperamos generar aplicaciones de software que cubran necesidades especiales que pueden ir desde el simple análisis e integración de datos RNA-seq a otros conjuntos de datos, hasta dispositivos de diagnóstico de enfermedades y consultoría en interpretación de datos”, explica José Tomás Matus.

 

GRAPEDIA tendrá la misma duración y dotación para beneficiarse de las mismas actividades de networking disponibles para COST Action INTEGRAPE, incluidas misiones científicas de corta duración, escuelas de formación, reuniones de grupos de trabajo y reuniones anuales.

 

La subvención de CIG también ayudará a desarrollar un plan de negocios eficiente para lograr la explotación comercial de GRAPEDIA, lo que permitirá su sostenibilidad y crecimiento después de que finalice el período de CIG.

 

José Tomás Matus (biólogo y doctor por la Universidad Católica de Chile) actualmente está contratado en el programa Ramón y Cajal (Área de Agricultura), en el Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2SysBio). Su laboratorio (TOMSBio Lab) se centra en la regulación transcripcional del metabolismo secundario, que ha incluido análisis genómicos de familias de factores de transcripción y análisis de expresión génica global, entre otros.

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